医疗净化工程在初步建设完毕之后接下来的步骤（procedure)就是进行装修设计，特别是高级别的手术室净化对于室内装饰有着非常严格的要求，使其在满足功能要求的前提下，减少因材料和构造而产生或积聚的尘菌（fungus)，这对预防污染、降低（reduce)术后感染率是至关重要的。无菌手术室装修不仅要求高度洁净的空气（进入手术室的空气首先须经高效过滤器净化），而且要求能控制气流的流通方向（即采用层流超净装置），使气流从洁净度高的手术区域流向洁净度低的区域，并带走和排出气流中的尘埃颗粒（尘粒）和细菌无菌手术室净化一般多采用垂直层流式效果较好 层流手术室是一个"正压"环境，其空气压力根据其不同区域（如手术间、无菌准备间、刷手间、麻醉间和周围干净区域等）洁净度不同要求而不同。
手术室净化地面装修
由于地面的污染度比墙和吊顶要高得多，大量尘粒由于医护人员在地板上的走动和各种设备的移动而产生，故地面装修应引起设计人员的重视。无菌手术室净化同级别的层流手术室其空气洁净度标准不同，例如国内标准I级层流手术室的标准为洁净度5级，每立方尺空气中≥0.5μm的尘粒数，≤100颗或每升空气中≤3.5 颗。II级层流手术室的标准为洁净度6级，每立方尺空气中≥0.5μm的尘粒数，≤1000颗或每升空气中≤35颗。地面装修应做到平整、光滑、耐磨、耐侵蚀(酸、碱、药)、易清洁。国内常采用现浇水磨石，取其光滑、耐磨、不起尘、防静电(是一种处于静止状态的电荷)、易清洗之长，但不宜采用过氧(Oxygen)乙酸稀释(dilute)液洗消，否则会与碱性的水泥（材料:粉状水硬性无机胶凝材料)起反应导致麻面。
较高档的地面装修可选用橡胶(Rubber)、聚胺脂(polyurethane)涂料、树脂类板材等，如在欧美、日本的许多医疗手术环境中，都采用了弹性塑胶(相关联事物:塑料)卷材作地面材料。它最显著的优点，就是少接缝(通常采用热熔焊接进行卷材间的连接，焊条由与卷材相同的塑胶材料制成)，可避免污物及特殊结构:荚膜、鞭毛、菌（fungus)毛的堆积，另外，它还具有耐污易洁、脚感舒适、花纹款式多样、安装及更换简便等水磨石无法比拟的优点。
在垂直手术室净化，如采用地面或地沟回风，回风部位面板应选用块状活动隔栅地板。地面不宜设地漏，否则应设高水封地漏，以防透气污染洁净室内空气。
手术室净化吊顶装修
顶棚底面需布置与安装高效过滤器(作用:过滤杂质等)送风口、照明灯具、烟感灭火器等，各种管线均需隐蔽在顶棚内，故顶棚部分是手术室净化内部装修的重点部位。顶棚以轻钢龙骨及大块面板材料做吊顶为宜，吊顶上风管等振动影响较多，故控制（control)振动脱落比控制（control)材料表面硬度（Hardness)更重要。吊顶罩面材料宜采用密封胶灌缝或压条密封，使之形成整体，防止吊顶上部空间的灰尘通过缝隙污染洁净手术室的气流。
手术室净化门窗装修
在无窗的手术室净化工程中，医护人员及病患者因与外界完全隔绝，都容易产生抑郁、“被监禁”等不良感觉，不利于手术顺利进行(尤其是时间较长的大型手术)。因而笔者认为，洁净手术室可根据实际情况，适当设置窗户，改善手术室内的环境气氛，同时利于室外医护人员及时了解手术情况，不必入内即可与室内人员进行沟通。
手术室净化工程门位设置与气流流向和手术床有很大关系，在水平层流手术室，门位设在下风向，在其他手术室，门设在病人脚的方向，可以防止进出人流对病人的影响。
